Tại đây còn lưu truyền câu chuyện kể về bà Nguyễn Thị Hiên như sau: khi bà Hiên sắp lâm chung, bà nhờ viết trên lòng hai bàn tay một câu bằng son đỏ: “Nguyễn Thị Hiên, làng Linh Chiểu Đông, Gia Định, chùa Huê Nghiêm, An Nam”. Năm 1821, hoàng hậu nhà Thanh (Trung Quốc) hạ sinh công chúa, trên lòng bàn tay hiện rõ những chữ bằng son đỏ hệt như ở lòng bàn tay bà Hiên. Sau đó, vua Thanh sai sứ sang Việt Nam và tìm đến chùa Huê Nghiêm để tìm xác nhận điều linh ứng trên. Sứ nhà Thanh xin trùng tu chùa và xây lại ngôi mộ cho bà Hiên, đồng thời cũng hiến tặng chùa một pho tượng quan âm bằng đồng, cao 80cm.

Lịch sử ghi rằng, chùa được trùng tu nhiều lần. Lần trùng kiến lớn nhất vào cuối thế kỷ XIX do Thiền sư Đạt Lý - Huệ Lưu (đời thứ 38 dòng Lâm Tế) tổ chức. Kiến trúc chùa hiện nay được thay đổi ở những lần trùng tu vào các năm 1960, 1969 và 1990, mang dáng dấp của một ngôi chùa hiện đại. Chánh điện chùa Huệ Nghiêm bài trí tôn nghiêm, trầm mặc. Chính giữa tôn trí bộ tượng Thích Ca Tam Tôn (Phật Thích Ca, Bồ tát Văn Thù, Bồ tát Phổ Hiền), ở phía trước điện thờ là thờ ba vị Di Đà Tam Tôn. Bên phải chánh điện là tượng Địa Tạng, còn bên trái là tượng Quan Âm. Trước hai tượng Địa Tạng và Quan Âm cũng ở hai góc bên trái, bên phải là hai tượng Hộ Pháp. Đặt trước chánh điện là tượng Di Lặc. Tất cả đều bằng gỗ. Có tượng bằng gỗ Gõ đỏ, có tượng bằng gỗ Giáng Hương bông, có tượng bằng cây Xuyên Mộc đều được tạo tác ở tỉnh Phúc Kiến, Trung Quốc.